Я тоже так думал... но на практике убедился в обратном... не читает он ни WAV ни FLAC ни ALAC. Кстати по USB (т.е. в цифре) с Айподом работают далеко не все модели Алпайн. По моему 303,305 и 117 - это из однодиновых(интересовали ГУ только такого размера), остальные работают по Ai-Net, из чего следует что звук идет от айпода к ГУ по аналогу со всеми вытекающими.
Для себя решил проблемму приобретением Ural ConceRt CDD + ATAPI Box. Воткунул в бокс винт на 120 Гиг залил туда ВСЮ свою фонотеку из которой 70% FLAC и не терзаю себя вопросом разрешения проблеммы по ГУ и хранению музыки в авто.
Чего и тебе желаю