Ты так и не понял меня.
Хорошо. Смотри схему (просьба в художника не стрелять, он рисовал мышкой как мог

).

Твой процессор или ГУ будет запитан всегда от двух АКБ, но при этом обе АКБ полностью развязаны друг от друга в режиме, когда нет зарядки (при выключеном моторе) и соответсвено не будут садить одна другую. Дополнительная АКБ подключается к общей сети автомобиля, только когда есть зарядка.
P.S. я нарисовал примитивную схему, для лучшего понимания принципа, но если делать по феншую, то, вместо простого реле К1, использовать реле напряжения, котрое замыкает контакт K1, когда в бортовой сети будет напряжение выше 13.8-14В (тогда дополнительная АКБ не будет участвовать при запуске двигателя, т.е. не будет убиватся стартером).